本发明涉及一种棉花不育系的杂交制种方法,其特征在于利用昆虫辅助传粉不育系杂交制种法,以作为父本的隐性低酚抗虫棉品系中无R228和作为母本的转基因抗虫核双隐性不育系中抗A为基础材料,培育出带有低酚标记性状的转基因抗虫核双隐性不育系进行昆虫辅助传粉育种,不仅简化了制种程序、减少了育种工作量,同时也使得假杂交种容易识别,从而避免了经济损失,可用于大规模生产杂交种子。