本发明公开了一种棉蚜微卫星标记组合,其包括19个棉蚜微卫星标记,同时提供了一组能够高效扩增棉蚜群体微卫星标记的特异性引物组及棉蚜微卫星标记检测方法,可应用于棉蚜遗传背景分类,同时也可应用于棉蚜谱系地理格局、群体结构和遗传多样性的分析。