本发明公开了一种与棉花纤维长度QTL/主效基因位点qFL-C13-1和qFL-C22-1连锁的分子标记，qFL-C13-1和qFL-C22-1分别位于染色体C13和C22上。与qFL-C13-1紧密连锁的分子标记为CGR5242，与qFL-C22-1连锁的分子标记为NAU2977。利用本发明这些与棉花纤维长度QTL/主效基因位点连锁的SSR标记进行辅助选择可提高棉花纤维长度育种效率。
