本发明涉及分子育种技术领域,公开了一种来自海岛棉海1与黄萎病抗性有关的分子标记及其应用。所述分子标记为CER0086、NAU3405和NAU2026。本发明有助于克服现有育种技术对黄萎病抗性鉴定存在的不足,能提高黄萎病抗性的选择效率,加快抗黄萎病新品种的培育进程。