本发明提供了一种三裂棉细胞质雄性不育恢复基因的分子鉴定方法，其InDel分子标记为36bp的核苷酸序列缺失，InDel分子标记引物如SEQ ID NO.2‑3所示。采用InDel分子标记引物进行PCR扩增，如果片段长度为275bp的条带，则为不含三裂棉细胞质雄性不育恢复基因的材料；如果片段长度为239bp的条带，则为三裂棉细胞质雄性不育恢复基因位点纯合的恢复系材料；如果PCR产物电泳结果同时出现两条，片段长度为275bp和239bp的两条带，则为恢复基因杂合位点的材料。本发明可以加快恢复系选育和改良进程，缩短选育周期，同时保证恢复系种子和三系杂交种子的纯度，显著减少田间材料性状调查的工作量。
