本发明公开了一种获得植物内含子序列扩增多态性的方法及其专用引物。获得植物内含子序列扩增多态性的专用引物，由正向引物和反向引物组成，所述正向引物和反向引物均由18个核苷酸组成，正向引物的核苷酸序列为 5′-NNNNNNNNNNNMAGGTAA-3′，反向引物的核苷酸序列为 5′-CTGCAANNNNNNNNNNNN-3′，其中N为A、T、C和G中的任一种碱基，M为A或 C。本发明的专用引物能产生多态性位点，开发合成费用低廉，设计程序非常简单，而且正向引物可以与反向引物相互组合，这大大增加了专用引物的数目，减少了合成正向引物或反向引物的数目，降低了合成费用；本发明的获得植物内含子序列扩增多态性的方法简单方便，采用PCR扩增产物电泳而无须繁琐步骤和放射性探针，简单方便且减轻了工作量。