一、指导思想
按照非营利性科研机构的改革方向，以转换机制为重点，优化科技资源、整合科技优势，提升创新能力，将研究所建成国际一流的棉花科技创新中心和科技产业发展中心。
二、工作思路
突出科技创新、机制创新与管理创新，建立高水平的科技创新队伍和“开放、流动、竞争、协作”的运作机制；坚持以人为本，优化人才结构，强化岗位功能，变身份管理为岗位管理，建立新型的约束激励和分配机制。
三、机构设置
1、管理机构。按照“精干、协作、高效”的创新管理队伍建设目标，进一步合并职能、重组机构、精简人员、增强效能，压缩、调整职能管理部门。继续推行全员聘任制，加强岗位管理，逐步建立起“按岗位定酬、按任务定酬、按业绩取酬”，重业绩、重贡献的分配机制。
2、创新中心。重点从事棉花品种资源、生物技术、遗传育种、耕作栽培、植物保护、区域试验、品质检测和文献信息等领域的研究。确定创新中心的固定岗位为112人、流动岗位32人、管理岗位16人。
3、产业开发。按照现代企业制度，改制科技贸易公司；通过多元化投资，组建有限责任公司；通过合资融资，组建并合理布局区域合资公司，理顺现有7个合资公司的关系；组建“产研贸一体化”的科技先导型龙头企业——中棉种业(集团)公司，争取早日上市。目前，公司和实体内的在岗人员为140人，另有部分人员将充实到产业开发部门。
4、后勤服务。通过重新整合，组建后勤服务中心，实行聘任制、有偿服务、独立核算。目前，在后勤服务中心各部门的在职人员74人，另有部分人员将充实到后勤服务中心。
四、改革实施步骤
2002年12月～2003年1月，传达上级改革精神，做好宣传动员。
2003年1月～2003年2月，起草初步方案，提交所职代会审议通过后上报。
2003年3月～2004年9月，重点实施阶段。主要完成科技创新中心学科与创新岗位设置、管理机构与岗位设置；制定产业开发改革方案；成立后勤服务中心，并完成相关岗位人员招聘。
2004年10月，总结改革工作与试运行情况，完善有关管理办法。
2004年11月～2004年12月，申请评估验收。