蔬菜花卉所转制为科技型企业的思路是：建立现代企业制度和科学管理机制，培育先进的企业文化，提高该所的科技创新能力和市场竞争能力。争取1年内转制，3年完善，将蔬菜花卉所建成为一个具有较强科技创新能力、较强市场竞争能力、多元投资主体、完全按企业化经营的现代高科技农业企业。
转制工作分三步，先转制为国有独资公司，然后再进行资产重组，成立1家股份有限公司，争取在2～3年内做好上市的准备。
转制后的公司架构是成立农科院蔬菜花卉所有限公司，下设三大板块：
1. 组建3个控股子公司。分别是北京中蔬农业科技股份有限公司、北京中蔬生物科技股份有限公司、北京中蔬园艺咨询有限公司。
2. 组建研发中心（R&D）。总人数为60人，重点任务是完成国家、省部级研究项目和本所的应用、开发研究项目。该中心下设8个研究室和1个蔬菜产品质量监督检验测试中心。
3. 调整精简职能部门。设立财务部、人力资源部、科研部、综合办公室。
从2004年开始，公司将实行全员聘任制，建立一套符合公司运作的全员业绩考核指标体系，改革工资结构，提高绩效工资比重。对2003年起新进所的人员开始实行岗位工资制。